在仍未消除反对党和民众疑虑的情况下，以自民党为首的日本执政联盟，6月15日清晨在日本国会参议院，罕见地跳过委员会表决的程序，直接在全院会议上，以多数席次强行通过了将“共谋罪”入法的修法。

这项被日本在野党和民间团体称之为“共谋罪”的“恐怖事件等准备罪”，也被正式纳入日本《有组织犯罪处罚法》的新修订版本中。

这项极具争议性的罪名规定， “筹划重大犯罪，即为犯罪”。不过，“共谋罪”的适用对象只限定为“有组织集团犯罪”，且必须有两人以上的犯罪嫌疑人筹划犯罪，并至少有一人从事筹措犯罪资金等准备行为。在形成犯罪计划后，犯罪集团的所有成员都将被处罚。

虽然日本政府解释，这项罪名的打击对象，仅限于可疑的恐怖分子，而这项立法将有助于日本成功举办2020年东京奥运会。但反对这项罪名入法的党派和民间人士则担心，“共谋罪”入法后，极有可能损害日本宪法规定保障的“内心自由权”；并担心共谋罪的打击对象，会扩展至一般市民。虽然安倍曾辩解，修法后，将采取严格措施，确保搜查行为依法、合规实施。但在野党则质疑，“共谋罪”入法后，将扩大日本政府对国民的日常监视权限，还可能导致犯罪侦查机关滥权。更有反对者称，“共谋罪”入法后，将和日本政府在战前用以肃清异见人士的《治安维持法》起到类似作用。

为了尽速通过这项极具争议性的修法，由自民党和公明党组成的执政联盟，运用议事程序打破了参议院中的朝野对峙。6月14日，执政联盟向反对党发出通知，表明有意跳过参议院法务委员会的表决，直接进入参议院全体会议表决。最终，新修订的法案在当地时间6月15日清晨7点46分表决通过。

跳过委员会表决，直接进入全院会议表决的作法，在日本国会的议事惯例中相当罕见。这一让多数派可以强行推动立法通过的程序上次被使用，还是在2007年。

为了表示反对“共谋罪”入法的决心，从14日晚间到15日清晨，日本反对党彻夜提交了包括对安倍内阁不信任在内的一系列决议案，以展开最终抵抗。日本最大在野党民进党的党首莲舫14日强烈批评说，“我们重新了解到，执政党把参议院这个‘良识之府’扔掉，使它最终变成（首相）官邸的分包单位。”

日本政坛分析，安倍晋三之所以指示用强势议事手段推动立法，暗示他已做出判断：与其让这项争议性法案在国会内展开充分讨论，还不如让日本国会的本会期尽早结束闭会，以免自己卷入的一系列丑闻，在国会质询中进一步升级。

为了反对执政联盟强行通过立法，6月14日晚，数以千计的抗议者集也聚集在东京国会大厦前，高举“(在社交媒体上)点赞也是监视对象，注意共谋罪”等标语牌，并齐呼怒声。此外，以大城市为主，日本各地也出现示威活动，反对政府仓促立法。据共同社在5月下旬公布的舆论调查结果显示，有77.2％受访者认为，安倍政府对该法案的解释并不足够。

日本媒体普遍指出，在强行通过“共谋罪”入法的背后，是安倍力图摆脱“加计学园”疑云的盘算。

日本反对党近期指控，安倍晋三的多年好友加计孝太郎，在为其经营的学校申请新设兽医学部的审批过程中，日本政府部门涉嫌提供了特殊便利。日本政府的文部科学省预计将在6月15日公布第二次调查结果，厘清该部门内部，是否真的存在载明“这是首相的意向”的相关文件。

而日本国会的这个会期若能在6月18日如期闭幕，也意味着，反对党将失去进一步追究此问题的平台。

除了“加计学园”的疑云外，安倍晋三和自民党面临的另一挑战则是日渐邻近的东京都议会选举。

目前，现任东京都知事小池百合子组建的地域性政党“都民第一”将与自民党对决，在东京都议会选举中，争夺议会第一大党的地位。对安倍晋三来说，尽快平息“加计学园”的丑闻以减轻对选举的负面影响，是自民党的首要考虑。